Pop3 er efterhånden en ældre protokol, hvor håndteringen og transporten af e-mails nok bedst kan sammenlignes med fysisk post.
Når en e-mail bliver afsendt, ender den på vores mailserver. Her ligger den, indtil du beder dit mailprogram om at hente aktuelle e-mails, hvorefter den forsvinder fra mailserveren og kun ligger på din computer. Ligesom ved fysisk post kan din e-mail altså kun eksistere ét sted.
Med IMAP arbejder du med dine e-mails direkte på mailserveren, i stedet for på din egen computer. Dette medfører en lang række fordele - specielt hvad angår synkronisering.
Lige meget om du åbner din e-mail konto på arbejdspladsen, hjemmefra eller på din webmail, vil du have adgang til den samme mappestruktur og de samme e-mails.
Du kan også se mailserveren som en slags backup af dine e-mails og din opsætning, hvis en af dine computere f.eks. ikke længere virker. Husk dog, at du aldrig vil have en backup af slettede e-mails.